У 1998 році на базі економічного факультету було створено факультет обліку та аудиту, який у 2000 році був акредитований за ІV рівнем. Із 2001 року на факультеті було розпочато підготовку фахівців з фінансів і кредиту, у зв’язку з чим у 2002 році його було перейменовано на факультет обліку та фінансів.
Першим деканом факультету обліку та аудиту був завідувач кафедри статистики та економічного аналізу, доктор економічних наук, професор Опря Анатолій Трохимович (1937-2013 рр). За його ініціативи була створена і впроваджена у навчальний процес науково-методична база та нові прогресивні методи контролю знань студентів, заснована наукова школа з підготовки молодих вчених.
В період із 1999 до 2008 року посаду декана факультету обіймала завідувач кафедри фінансів та економічної теорії, кандидат економічних наук, професор, нині ректор академії Аранчій Валентина Іванівна. Вона стала ідейним лідером розвитку й використання інноваційних технологій у навчальному процесі, створення інформаційної бази електронних навчально-методичних комплексів дисциплін. У цьому напрямі науково-педагогічний колектив факультету обліку та фінансів тримає провідну позицію в академії.
З 2008 навчального року на посаді декана працює к.е.н., доцент Дорогань-Писаренко Людмила Олександрівна. Пріоритетними напрямами діяльності факультету є удосконалення навчально-методичної бази, індивідуалізація освіти, підвищення якості підготовки фахівців.
Колектив факультету пишається видатними вченими, які зробили суттєвий внесок у розвиток сучасної економічної науки.
Доктор економічних наук, професор Опря Анатолій Трохимович - автор близько 150 наукових праць, серед яких більше ніж 40 монографій, підручників і навчальних посібників, зокрема перший підручник по статистиці з елементами програмованого навчання та навчальний посібник для дистанційної та заочної форм навчання. Він є співавтором економічних словників та енциклопедій, виконавцем та співвиконавцем чотирьох науково-дослідних тем державної тематики Інституту аграрної економіки УААН з питань статистики, кібернетики, економіки. Матеріали науково-навчальної літератури, виданої професором А.Т.Опрею, стали основою для складання типових навчальних програм зі статистики. За вагомий вклад у розвиток вітчизняної статистичної науки ім’я Анатолія Трохимовича Опрі занесено до книги «Українські видатні вчені економісти-аграрники ХХ століття» та «Енциклопедії сучасної України», має урядову нагороду.
Професор Фесенко Дмитро Мусійович (1926-2012 рр.) має звання Залуженого працівника вищої школи. Його перу належить більше 180 науково-методичних праць, в тому числі 28 підручників і посібників, наукових статей, інших видів навчально-методичних та наукових публікацій. Перші наукові дослідження Д.М. Фесенка пов’язані з впровадженням внутрішньогосподарського розрахунку з використанням чекової форми контролю за витратами на виробництво. Неоціненний внесок зробив Дмитро Мусійович у роз’ясненні та впровадженні системи бухгалтерського обліку на основі міжнародних стандартів, на яку перейшла Україна з 2000 р. Три роки поспіль професор Фесенко Д.М. проводив семінари в кожному районі Полтавської області з головними бухгалтерами сільськогосподарських підприємств і районних управлінь сільського господарства по вивченню нової системи бухгалтерського обліку. Після цього всі сільськогосподарські підприємства Полтавської області перейшли на цю систему обліку. Успіхи у науковій та навчально-методичній роботі Дмитра Мусійовича відмічені багатьма відзнаками, зокрема: член методичної Ради Міністерства сільського господарства СРСР (1975 р.); професор кафедри бухгалтерського обліку (з 1986 р.); Заслужений працівник вищої школи Української РСР (з 1986 р.); Голова територіального відділення федерації аудиторів, бухгалтерів і фінансистів АПК України в Полтавській області (з 2003 р.); член Методичної Ради з бухгалтерського обліку та звітності Міністерства аграрної політики України; ветеран Великої Вітчизняної Війни, має численні ордени та має медалі, зокрема «За доблесну працю».
Систематизовані розробки з питань обліку та фінансів викладені в навчальних посібниках для аграрних вузів України відмінником освіти України, кандидатом економічних наук, доцентом Аранчій Валентиною Іванівною. Вона є автором і співавтором навчальних посібників з Грифом Міністерства освіти і науки України з дисципліни «Фінанси підприємств».
За сумлінну працю В.І.Аранчій та Л.О.Дорогань-Писаренко відзначені нагородами «Відмінник освіти України» та «Знак Пошани».
Доцент кафедри фінансово-економічного аналізу та статистики Лихошвай Анатолій Олексійович (1928-2010 рр.) віддав статистиці 48 років трудової діяльності, будучи, зокрема, начальником статистичного управління Полтавської області (1971-1981 рр.), 10 років (1982-1991) він очолював кафедру статистики та аналізу господарської діяльності, досліджував наукові аспекти питань удосконалення стратегічного та функціонально-вартісного аналізу. Його науково-педагогічна робота вдало поєднувалась з творчою діяльністю. А.О.Лихошвай – відомий як відомий поет-пісняр, заслужений працівник культури, член Національної всеукраїнської музичної спілки, автор віршів восьми збірок пісень, романсів та балад полтавських композиторів. У 2001 році на вірші доцента Анатолія Олексійовича Лихошвая та професора Анатолія Трохимовича Опрі композитором Ігорем Горбачовим створено «Гімн Полтавської державної аграрної академії».