Як науковець розробила методологію оптимального за вартістю та часом планування експерименту в технічних системах, розробила комп’ютерні програми пошуку оптимальних планів експерименту, які є інструментом для інженерів- дослідників (підтверджено патентами та свідоцтвами).  Як голова науково-методичної ради Полтавської державної аграрної академії ініціювала створення якісно нових, пов’язаних із сучасною європейською практикою правил, процедур, рекомендаційних документів щодо внутрішньої системи забезпечення якості освіти та впровадження норм академічної доброчесності, є організатором створення інформаційно-освітнього середовища академії тощо.

За період роботи на посаді проректора сприяє покращенню якості підготовки фахівців як для агропромислового комплексу, так і для інших галузей національної економіки України, здійснює заходи щодо подальшого реформування вищої освіти та освітнього процесу відповідно до сучасних умов, забезпечує особистісний розвиток та наукову самореалізацію молоді, формування здатності навчатися упродовж життя. Має високий рівень фахової підготовки, володіє інноваційними навчальними формами, методиками та психолого-педагогічними прийомами, застосовує знання сучасних інформаційних технологій. Здійснює планування, організацію та контроль освітнього процесу, забезпечує його вдосконалення, сприяє професійній, методичній підготовці професорсько-викладацького складу, координує діяльність підрозділів академії з питань організації освітньої діяльності.

Костенко О.М. постійно працює над підвищенням кваліфікації: відвідує наукові та навчально-методичні семінари, неодноразово проходила стажування та підвищення кваліфікації в українських ЗВО, а також у закордонних організаціях та закладах освіти – 2006 р. стажування в Польщі з навчального курсу в рамках проєкту «Нові завдання перед сільськогосподарськими дорадчими службами Польщі і України», в 2008 р. стажування у Франції, 2009 та 2010 рр. знову в Польщі, 2012 р. – у Китаї, 2016 р. пройшла науково-академічне стажування в Ченстоховському технологічному університеті (Польща).

Активно займається науково-дослідною та інноваційною роботою з технічного оснащення агропромислового виробництва, а саме проводить дослідження з питань оптимального планування експерименту в технічних системах та впровадження систем безпеки праці. Є автором та співавтором 219 науково-методичних праць, а саме: 2 підручників, 1 навчального посібника, 5 монографій, 24 патентів, 16 свідоцтв про реєстрацію авторського права на комп’ютерні програми, 76 наукових праць, опубліковані у вітчизняних і міжнародних рецензованих фахових виданнях.

Успішна, продуктивна робота проректора сприяє високому іміджу академії, допомагає посідати провідні місця в рейтингу закладів вищої освіти України.

Костенко О.М. нагороджувалася Почесною грамотою Президії Національної Академії аграрних наук; Грамотами Полтавської Обласної державної адміністрації; Грамотами Департаменту освіти і науки Полтавської обласної державної адміністрації; Грамотами Головного управління сільського господарства і продовольства Полтавської обласної державної адміністрації; Грамотами Полтавської обласної організації профспілок працівників АПК; Почесними грамотами виконавчого комітету Полтавської міської ради.

Педагогічна, наукова, громадська та адміністративна діяльність Костенко Олени Михайлівни спрямована на поліпшення підготовки висококваліфікованих спеціалістів як для аграрної, так і для інших галузей національної економіки України, тісного поєднання освітнього процесу з виробництвом, а також формування у студентів високого почуття патріотизму, національної свідомості, громадянського обов’язку, високого професіоналізму у виконанні завдань з гарантування продовольчої безпеки нашої держави.